1、痛经及慢性下腹疼痛
患者以继发性、渐进性加剧的痛经为特点，以下腹部及肛门坠胀痛为主，可于月经前1～2天开始，月经后消失，疼痛从腰骶部、腹部开始，放射至阴道、会阴、肛门或大腿，疼痛的程度与异位灶的部位有关，但与病灶的大小不成正比，如子宫骶骨韧带部位的较小异位结节可导致病人难以忍受的疼痛，而较大的卵巢子宫内膜异位囊肿症状较轻或无症状。25%的患者可无痛经，而20%～30%子宫内膜异位症患者有慢性下腹疼痛。
2、月经失调
15%的子宫内膜异位患者可有经量增多，经期延长或点滴出血。是由于卵巢被异位囊肿所破坏，或者卵巢被粘连包裹致卵巢功能紊乱而引起月经失调;同时患者常合并有子宫肌瘤或者子宫腺肌瘤也可致月经过多或者经期延长等。
3、不孕
子宫内膜异位症患者常伴不孕，并已成为不孕的重要原因之一。
4、性交痛
30%左右的子宫内膜异位症患者常诉性交痛。多由于机械性刺激所致。发生于子宫直肠陷凹、阴道直肠隔的子宫内膜异位症，使周围组织肿胀，纤维化，性交时使子宫收缩向上升提而发生疼痛。性交痛的程度与子宫内膜异位症的部位有关，如骶骨韧带部位的异位结节，子宫粘连后低固定，陶氏腔封闭者性交痛的程度加剧。
5、肠道症状
如果内膜异位病灶位于子宫直肠陷凹及直肠附近时，在月经期因病灶充血、水肿，刺激直肠导致肛门坠胀及便频或排便痛，也可出现便秘或腹泻。如果病灶侵犯直肠壁，并向肠腔突出或病灶较大时可引起肠腔狭窄或肠梗阻。少数病人如果病灶侵犯肠壁较深，达肌层者，由于局部肠黏膜充血、水肿可出现周期性大便带血，并非病灶侵犯肠黏膜所致。
6、泌尿道症状
如果子宫内膜异位病灶位于膀胱及输尿管时，患者可有周期性尿频、尿痛及血尿。子宫内膜异位病灶在输尿管罕见，缓慢进行的输尿管阻塞多由于盆腔子宫内膜异位症造成盆腔周围组织粘连或较大的子宫内膜异位囊肿挤压，造成输尿管瘢痕扭曲、狭窄或者阻塞。由于输尿管的阻塞可形成肾盂积水和继发性压迫性肾萎缩。
7、其他部位子宫内膜异位症症状
如果身体其他部位发生子宫内膜异位种植和生长时，均在病变区发生周期性疼痛、出血和块物增大，如病灶发生于脐部、腹壁伤口及外阴部时。如果病灶累及肺、胸膜或膈胸膜时，在月经期间重复发生月经性气胸，累及肺实质时可出现经前咯血、呼吸困难和(或)胸痛。脑的子宫内膜异位症非常罕见，如果发生则可出现典型的复发性头痛和神经性功能缺失现象。
8、急腹症症状
少数卵巢子宫内膜异位囊肿，在月经前或月经期由于囊内压力增加，发生囊壁穿破，如果破口较小，溢出物不多，腹痛可逐渐缓解;如果破口较大，囊内容物大量溢入腹腔，则引起急腹症症状，为目前妇产科领阈值得重视的新问题。常常被误诊为卵巢囊肿蒂扭转、宫外孕、阑尾炎、弥漫性腹膜炎而行急诊手术，术中才证实为卵巢子宫内膜异位囊肿破裂。
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